Cơ cấu tổ chức của Cảng vụ hàng hải Nha Trang bao gồm: phòng Pháp chế; phòng An toàn và Thanh tra Hàng hải; phòng Tổ chức Hành chính; phòng Tài vụ, đại diện Cảng vụ Hàng hải Nha Trang tại Vân Phong, đại diện Cảng vụ Hàng hải Nha Trang tại Cam Ranh đại diện Cảng vụ Hàng hải Nha Trang tại Trường Sa, trạm Cảng vụ Hàng hải Nha Trang tại Đầm Môn, trạm Cảng vụ Hàng hải Nha Trang tại Hòn Khói, trạm Cảng vụ Hàng hải Nha Trang tại Kho Mỹ Giang và trạm Cảng vụ Hàng hải Nha Trang tại Ninh Chữ.